Tout gestionnaire de centre de santé dont les recettes annuelles dépassent 153 000 € doit faire certifier ses comptes par un commissaire aux comptes, quel que soit son statut : association, mutuelle, société, coopérative. L'obligation résulte de la loi du 19 mai 2023 et s'applique depuis le 22 juin 2024, y compris aux exercices alors en cours. Seules certaines personnes publiques en sont dispensées.
Par Fabien Houbani, commissaire aux comptes, membre de la Compagnie régionale des commissaires aux comptes de Paris. Mis à jour le 22 octobre 2026.
Après plusieurs affaires ayant touché des centres de santé, le législateur a renforcé le contrôle de ces structures. La certification des comptes en est l'un des piliers : elle donne à l'ARS, à l'Assurance maladie et aux partenaires du centre une information financière vérifiée par un professionnel indépendant.
Ce que disent les textes
L'obligation repose sur trois textes successifs :
| Texte | Apport |
|---|---|
| Loi n° 2023-378 du 19 mai 2023 (art. 9) | Crée l'obligation de certification des comptes des gestionnaires de centres de santé, à l'article L. 6323-1-4 du code de la santé publique, au-delà d'un seuil fixé par décret |
| Décret n° 2024-568 du 20 juin 2024 | Fixe le seuil à 153 000 € de recettes annuelles, par renvoi à l'article D. 612-5 du code de commerce (article D. 6323-8-1 du CSP). Entré en vigueur le 22 juin 2024 |
| Décret n° 2025-416 du 13 mai 2025 | Précise les gestionnaires publics dispensés. Applicable à compter de la certification des comptes de l'exercice 2025 |
La Commission des études juridiques de la CNCC a confirmé, dans sa réponse EJ 2024-37 du 18 octobre 2024, l'absence de mesure transitoire : les exercices en cours au 22 juin 2024 sont soumis à la certification dès lors que le seuil est dépassé.
Le seuil de 153 000 € : qui est concerné ?
L'obligation vise le gestionnaire du centre, c'est-à-dire la personne morale qui l'exploite, et non le centre lui-même. Le statut juridique est indifférent : association loi 1901, mutuelle, société commerciale, société coopérative d'intérêt collectif, fondation.
Le seuil est apprécié sur les recettes annuelles du gestionnaire. Les textes ne définissent pas cette notion plus précisément. En pratique, le seuil est vite atteint : l'activité d'un seul chirurgien-dentiste ou médecin salarié à temps plein le dépasse le plus souvent.
Un gestionnaire qui exploite plusieurs centres apprécie le seuil sur l'ensemble de ses recettes, puisque c'est lui qui établit les comptes.
Qui est dispensé ? CerLe seuil de 153 000 € : qui est concerné ?taines personnes publiques, listées à l'article D. 6323-8-1 du CSP depuis le décret du 13 mai 2025 : collectivités territoriales et leurs groupements, établissements publics locaux, groupements d'intérêt public, notamment. Les établissements publics de santé ne sont dispensés que s'ils ne sont pas déjà soumis à la certification au titre de leur propre réglementation.
Le seuil des centres de santé s'ajoute aux autres cas de désignation. Une association gestionnaire peut aussi y être tenue parce qu'elle reçoit plus de 153 000 € de subventions publiques, ou parce qu'elle dépasse les seuils des associations ayant une activité économique. Une société gestionnaire reste soumise aux seuils de droit commun et aux règles de groupe : voir notre article sur la nomination du commissaire aux comptes.
À partir de quel exercice, et comment nommer le commissaire aux comptes ?
Le commissaire aux comptes doit être nommé au cours de l'exercice dont les comptes seront certifiés, et non après sa clôture. Un centre qui dépasse le seuil en 2026 doit donc désigner son commissaire aux comptes avant le 31 décembre 2026 pour un exercice calé sur l'année civile.
La nomination suit quatre étapes :
- Choix du professionnel. Il vérifie son indépendance avant d'accepter : il ne peut pas être l'expert-comptable du centre, ni lui fournir des prestations incompatibles.
- Décision de l'organe compétent. Pour une association, c'est en principe l'assemblée générale, sauf disposition contraire des statuts. Le procès-verbal mentionne le nom du commissaire aux comptes et la durée du mandat.
- Suppléant. Il n'est requis que si le titulaire est une personne physique ou une société unipersonnelle.
- Lettre de mission précisant les travaux, le calendrier et les honoraires.
Le mandat est de six exercices. La désignation étant imposée par le code de la santé publique, la mission ALPE en trois exercices, réservée aux désignations volontaires et à certaines situations de groupe, n'est pas ouverte.
Les comptes certifiés sont ensuite transmis à l'ARS et aux organismes d'Assurance maladie, selon les modalités prévues par les textes.
Ce que vérifie le commissaire aux comptes dans un centre de santé
La certification suit les normes d'exercice professionnel communes à toutes les entités. Mais un centre de santé présente des zones de risque qui lui sont propres, et c'est sur elles que se concentrent les travaux :
- Le chiffre d'affaires. Rapprochement entre le logiciel de facturation, les encaissements de l'Assurance maladie et des complémentaires en tiers payant, et les règlements des patients. Les rejets, les actes facturés non encaissés et les écarts entre logiciels sont fréquents.
- Les traitements en cours à la clôture. Prothèses, implantologie, orthodontie : les devis acceptés et les acomptes versés imposent de rattacher le produit au bon exercice.
- Les créances sur les organismes payeurs. Ancienneté, relances, risque de non-recouvrement.
- La masse salariale. Les praticiens salariés sont souvent rémunérés en partie au pourcentage des honoraires. Nous rapprochons la paie, les déclarations sociales (DSN) et la comptabilité, ainsi que les dettes sociales à la clôture.
- Les aides de l'Assurance maladie. Rémunération forfaitaire au titre de l'accord national, conditions d'attribution et rattachement à l'exercice.
- Les relations avec les tiers. Contrats avec des sociétés de gestion, de location ou de prestations, liens avec les dirigeants : la loi de 2023 vise précisément ces flux.
- La continuité d'exploitation. Trésorerie, dépendance au tiers payant, montée en charge d'un centre récent.
Lorsque des faits compromettent la continuité d'exploitation, le commissaire aux comptes déclenche la procédure d'alerte. Dans un secteur où les délais d'encaissement pèsent lourd sur la trésorerie, cette fonction de vigilance est souvent ce qui permet au gestionnaire de réagir à temps.
Que risque un centre de santé sans commissaire aux comptes ?
Les risques sont de trois ordres :
- Pénal. Le dirigeant d'une personne morale tenue d'avoir un commissaire aux comptes qui ne provoque pas sa désignation encourt jusqu'à deux ans d'emprisonnement et 30 000 € d'amende (art. L. 820-4 du code de commerce).
- Civil. Les délibérations prises en l'absence de commissaire aux comptes régulièrement désigné peuvent être annulées (art. L. 820-3-1 du code de commerce). L'approbation des comptes et les décisions qui en découlent sont fragilisées.
- Administratif. Depuis le décret du 20 juin 2024, l'ARS peut prononcer des amendes administratives et des astreintes contre les gestionnaires qui ne transmettent pas les pièces requises ou fournissent des informations inexactes. Les comptes certifiés font partie des documents que l'ARS et l'Assurance maladie attendent.
Une nomination tardive se régularise d'autant plus facilement qu'elle intervient tôt. Désigner le commissaire aux comptes avant la clôture de l'exercice reste la seule manière de certifier les comptes de cet exercice dans de bonnes conditions.
Questions fréquentes
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Pour aller plus loin : la nomination du commissaire aux comptes et nos missions d'audit.